Hiện nay, hệ thống tổ chức Liên hiệp Hữu nghị Việt Nam có 116 tổ chức thành viên, trong đó 64 hội hữu nghị Trung ương (60 song phương, 4 đa phương) và 52 liên hiệp địa phương (LHĐP). Mô hình tổ chức bộ máy các LHĐP hiện chưa thống nhất, LHĐP có tỉnh độc lập và có biên chế làm việc, có tỉnh bố trí ghép 2 trong 1 và có tỉnh không cấp biên chế, lãnh đạo LHĐP tỉnh bố trí chuyên trách hoặc có tỉnh toàn bộ kiêm nhiệm, kinh phí ngân sách nhà nước cấp hoạt động hằng năm không đồng đều, tỉnh cao/tỉnh thấp, có LHĐP được 200-300 triệu đồng/năm hoặc có tỉnh được 1,5-2 tỷ đồng/năm…