Nghị quyết số 51, ngày 20-7-2005 của Bộ Chính trị đã quy định chính trị viên phân đội là người chủ trì về chính trị của phân đội; chính trị viên phân đội ngang cấp với phân đội trưởng, cùng chịu trách nhiệm về toàn bộ hoạt động của phân đội. Mối quan hệ giữa chính trị viên với phân đội trưởng là mối quan hệ phối hợp công tác. Đây là mối quan hệ có ảnh hưởng trực tiếp đến việc hoàn thành chức trách, nhiệm vụ của từng cá nhân và hoàn thành nhiệm vụ chính trị của đơn vị, giải quyết tốt mối quan hệ này là điều kiện tiên quyết để đơn vị hoàn thành tốt nhiệm vụ chính trị được giao, góp phần xây dựng cấp ủy (chi bộ) trong sạch, vững mạnh, xây dựng đơn vị vững mạnh toàn diện.
Với chủ trương đúng đắn của Bộ Chính trị, quá trình triển khai thực hiện Nghị quyết 51 đã tạo ra sự nhất trí, đồng thuận trong các cấp, nhất là trong đội ngũ cán bộ, đảng viên; đồng thời với việc kế thừa những kinh nghiệm lịch sử quý báu của hơn 30 năm thực hiện chế độ chính ủy, chính trị viên trong quân đội, nhất là thời kỳ 1950 - 1982. Đội ngũ cán bộ, đảng viên, bất kể vị trí, chuyên môn công tác nào cũng đã chủ động thể hiện và tiến hành công tác đảng, công tác chính trị (CTĐ, CTCT) trong mọi tình huống, người chỉ huy các cấp nhìn chung đã thể hiện tính đảng, tính nguyên tắc, nắm vững và thực hiện đúng chức trách, nhiệm vụ được giao, chủ động trao đổi và thống nhất công việc của đơn vị với chính trị viên; làm cho tính cộng đồng trách nhiệm giữa hai cán bộ chủ trì trong đơn vị được nâng lên, nhất là vai trò, trách nhiệm, phương pháp, tác phong công tác và trình độ năng lực của đội ngũ cán bộ nói chung và chính trị viên nói riêng được nâng lên rõ rệt; các nguyên tắc trong sinh hoạt đảng được giữ vững; chất lượng hoạt động CTĐ, CTCT; năng lực lãnh đạo toàn diện và sức chiến đấu của các tổ chức đảng được nâng lên; dân chủ, đoàn kết nội bộ ở nhiều đơn vị có chuyển biến tốt; hiệu lực, hiệu quả công tác của người chỉ huy được củng cố, tăng cường; gánh nặng và trách nhiệm trong công việc của người chỉ huy được san sẻ; các quyết định của người chỉ huy được trao đổi, thống nhất kỹ càng; kết quả hoàn thành nhiệm vụ của các phân đội có sự chuyển biến tiến bộ... chất lượng, hiệu quả xây dựng đơn vị của một số phân đội được nâng lên, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ. Đặc biệt, ở những đơn vị giải quyết tốt mối quan hệ giữa chính trị viên với người chỉ huy đã làm cho phương pháp tác phong công tác của đội ngũ cán bộ có nhiều chuyển biến, tiến bộ, vai trò tiền phong gương mẫu của đội ngũ cán bộ, đảng viên cũng ngày càng được thể hiện rõ hơn; nhận thức chính trị tư tưởng, chất lượng thực hiện nhiệm vụ, ý thức chấp hành kỷ luật đảng, pháp luật nhà nước, kỷ luật quân đội của cán bộ, chiến sỹ ngày càng được nâng lên, góp phần quan trọng tạo nên sự thống nhất, đồng bộ trong lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành, tổ chức thực hiện nhiệm vụ của đơn vị.
Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện Nghị quyết 51 ở các phân đội Phòng không - Không quân thời gian qua cũng còn một bộ phận cán bộ, đảng viên, trong đó có cả cán bộ chủ trì các cấp chưa nhận thức đầy đủ về vị trí, ý nghĩa, nội dung và những nguyên tắc cơ bản trong Nghị quyết 51 của Bộ Chính trị, Nghị quyết 513 của Đảng ủy Quân sự Trung ương và các quy định, hướng dẫn của Đảng ủy Quân sự Trung ương, Bộ Quốc phòng và Tổng cục Chính trị về thực hiện chế độ một người chỉ huy gắn với thực hiện chế độ chính ủy, chính trị viên; cá biệt còn có một số cán bộ, đảng viên còn nhận thức chưa đúng, chưa đầy đủ; việc chuẩn bị cán bộ, biên chế chức danh và sắp xếp chính trị viên ở một số cơ quan, đơn vị chưa thực sự phù hợp và kịp thời...
Thực tiễn cho thấy còn có những chính trị viên còn tư tưởng trông chờ, ỷ lại, chưa thật sự tích cực trong học tập và công tác, thiếu tính quyết đoán, chưa tự tin trong giải quyết mối quan hệ với người chỉ huy, trình độ, năng lực và phương pháp, tác phong công tác còn hạn chế, chưa ngang tầm với vai trò, chức trách của người cán bộ chủ trì về chính trị. Không ít chính trị viên, nhất là chính trị viên cấp đại đội của tiểu đoàn tên lửa vẫn còn một số chưa khẳng định rõ vị trí, vai trò trách nhiệm theo cơ chế mới; kiến thức quân sự và chuyên môn còn hạn chế, chưa tích cực tham gia vào các mặt công tác chung của đơn vị (nhất là về công tác tham mưu, hậu cần, kỹ thuật). Hoạt động CTĐ, CTCT chưa thực sự có chiều sâu, còn mang nặng tính hình thức, sách vở, dập khuôn máy móc.
Ở một số đơn vị việc nắm và thực hiện nguyên tắc của một số cán bộ chỉ huy còn hạn chế, sự chủ động trao đổi với chính trị viên trong triển khai tổ chức thực hiện nhiệm vụ ở đơn vị chưa kịp thời, còn theo nếp cũ và mang tính hình thức, gò ép, cá biệt ở một số phân đội có tình trạng người chỉ huy vì mục đích, lợi ích cá nhân vẫn coi chính trị viên như cấp phó về chính trị của mình, nên thiếu tôn trọng, chưa thực sự tin cậy nhau dẫn đến kết quả hoàn thành nhiệm vụ của cả người chỉ huy, chính trị viên và toàn đơn vị bị hạn chế...
Ở những đơn vị khi sự phối hợp giữa người chỉ huy và chính trị viên không nhịp nhàng, ăn khớp, việc thông báo, trao đổi giữa người chỉ huy và chính trị viên không thường xuyên, quan hệ giữa hai người chưa thực sự đồng bộ, gắn kết đã gây ảnh hưởng không tốt đến hiệu quả lãnh đạo, chỉ huy và sự vận hành chung của đơn vị... làm cho kết quả hoàn thành nhiệm vụ của phân đội, nhất là trong công tác quản lý, rèn luyện kỷ luật, xây dựng chính quy chưa chuyển biến rõ rệt...
Nguyên nhân của những thiếu sót trên, về khách quan là đại đa số cán bộ quân đội nói chung và cán bộ chính trị nói riêng từ cấp sư đoàn và tương đương trở xuống đều chưa trải qua thời kỳ thực hiện chế độ chính ủy, chính trị viên trước đây nên còn thiếu kinh nghiệm; số lượng và đặc biệt là chất lượng đội ngũ cán bộ chính trị còn chưa đáp ứng được yêu cầu nhiệm vụ... Nguyên nhân chủ quan là nhận thức của một số cán bộ chưa đúng, chưa đủ về vấn đề thực hiện chế độ một người chỉ huy gắn với thực hiện chế độ chính ủy, chính trị viên, việc quán triệt, giáo dục và nâng cao trình độ nhận thức, năng lực cho đội ngũ chính trị viên của một số phân đội chưa tốt. Nhiều đồng chí chính trị viên chưa thực sự tích cực, tự giác học tập, rèn luyện để đáp ứng với yêu cầu nhiệm vụ. Đặc biệt, còn có người chỉ huy và chính trị viên chưa thực sự chú trọng xây dựng tốt mối quan hệ giữa hai người.
Để khắc phục những thiếu sót, vướng mắc trong quá trình thực hiện Nghị quyết 51 ở các phân đội Phòng không - Không quân, góp phần xây dựng Quân đội nhân dân Việt Nam cách mạng, chính quy, tinh nhuệ, từng bước hiện đại, đáp ứng với yêu cầu nhiệm vụ trong giai đoạn cách mạng mới, cần thực hiện tốt một số nội dung, biện pháp sau:
Một là, lãnh đạo, chỉ huy các đơn vị cần tiếp tục nghiên cứu, quán triệt sâu sắc những nội dung cơ bản của Nghị quyết 51 và các nghị quyết, chỉ thị, quy định của Đảng ủy Quân sự Trung ương, Bộ Quốc phòng để xác định rõ vị trí, vai trò, trách nhiệm của người chỉ huy và chính trị viên, làm cơ sở để thực hiện đúng.
Hai là, thường xuyên bồi dưỡng, tập huấn nâng cao kiến thức toàn diện, nhất là về quân sự chuyên môn đặc thù ở phân đội Phòng không - Không quân cho chính trị viên, coi trọng bồi dưỡng tại chức, tại chỗ, bảo đảm cho chính trị viên nắm vững chức trách, nhiệm vụ, phát huy cao nhất tính tích cực, tự giác trong việc tự học tập, rèn luyện, đề cao trách nhiệm, tính tiền phong, gương mẫu, chủ động, sáng tạo, dám nghĩ, dám làm, dám chịu trách nhiệm của đội ngũ chính trị viên.
Ba là, trong thực hiện công tác tuyển sinh quân sự các học viện, nhà trường cần làm tốt công tác tuyển chọn, đào tạo và quản lý cán bộ. Công tác tạo nguồn chính trị viên nên hướng chủ yếu vào đối tượng là những cán bộ quân sự, chuyên môn kỹ thuật (nhất là đối với các binh chủng và đơn vị làm nhiệm vụ có tính chất đặc thù) có trình độ và kinh nghiệm chỉ huy, quản lý; có năng lực lãnh đạo và hoạt động CTĐ, CTCT, thực sự tiêu biểu, mẫu mực trong nói và làm, là trung tâm xây dựng mối đoàn kết, thống nhất trong đơn vị, có phẩm chất đạo đức lối sống và năng lực, phương pháp tác phong công tác, hoàn thành tốt chức trách nhiệm vụ được giao, có đủ điều kiện để phát triển và phục vụ lâu dài trong quân đội.
Bốn là, quá trình bồi dưỡng, đào tạo chính trị viên cần bổ sung kiến thức về CTĐ, CTCT, làm tốt công tác bồi dưỡng năng lực toàn diện, truyền thụ kinh nghiệm tiến hành CTĐ, CTCT, đề cao tính tự giác học tập và tự học tập của cán bộ, lấy hiệu quả công tác để khẳng định vị trí chủ trì về chính trị. Đồng thời với tăng cường kiến thức về quân sự chuyên môn, đặc biệt là bồi dưỡng kinh nghiệm quản lý, lãnh đạo cho chính trị viên. Coi trọng huấn luyện về kỹ năng thực hành, sát với chức trách, nhiệm vụ của chính trị viên và thực tiễn ở phân đội Phòng không - Không quân.
Năm là, mỗi người chỉ huy, chính trị viên phải luôn nêu cao tinh thần đoàn kết, thống nhất, tôn trọng, giúp đỡ nhau trên cơ sở tất cả vì công việc chung; đồng thời phải thực sự gương mẫu, sống hết mình vì đồng đội, vì nhiệm vụ xây dựng đơn vị để xây dựng lòng tin cho cán bộ, chiến sỹ toàn đơn vị. Mọi mệnh lệnh, chỉ thị của người chỉ huy và chính trị viên đều phải được cán bộ, chiến sỹ thực hiện. Các cấp ủy đảng phải giữ vững nguyên tắc trong sinh hoạt, tăng cường lãnh đạo, kiểm tra, giám sát để bảo đảm tốt nhất hiệu lực, hiệu quả công tác của người chỉ huy và chính trị viên. Gắn Cuộc vận động “Học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh” với xây dựng đội ngũ cán bộ nói chung và đội ngũ chính trị viên nói riêng. Không ngừng nâng cao phẩm chất đạo đức, lối sống của người cán bộ, đảng viên. Đây chính là một trong những điều kiện quan trọng cần thiết để giải quyết mối quan hệ giữa chính trị viên với người chỉ huy, góp phần xây dựng cấp ủy (chi bộ) trong sạch vững mạnh, xây dựng đơn vị vững mạnh toàn diện, hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao trong mọi tình huống.