Cách mạng Tháng Tám năm 1945 thắng lợi, Nhà nước Việt Nam Dân chủ Cộng hoà ra đời đánh dấu sự hình thành ở nước ta một hệ thống chính trị mới theo chính thể cộng hòa dân chủ nhân dân dưới sự lãnh đạo của Đảng Cộng sản Việt Nam, dựa trên nền tảng của khối đại đoàn kết dân tộc không phân biệt giống nòi, giai cấp, tôn giáo, ý thức hệ. Trải qua nhiều biến động của tiến trình cách mạng từ năm 1945 đến nay, mô hình tổng thể về tổ chức bộ máy của hệ thống chính trị của nước ta đã có những sự thay đổi nhất định về hình thức tổ chức và phương thức vận hành.

Sau khi cuộc Cách mạng Tháng Tám năm 1945 thành công, nhân dân Việt Nam bằng lá phiếu của mình bầu ra cơ quan quyền lực nhà nước tối cao là Quốc hội. Quốc hội quyết định thành lập Chính phủ chính thức và ban hành Hiến pháp năm 1946 quy định về thể chế chính trị và nguyên tắc cơ bản về tổ chức, hoạt động của bộ máy Nhà nước. Kể từ năm 1946, hệ thống chính trị dân chủ nhân dân với ba thành tố cơ bản là Nhà nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa; các đảng chính trị; các tổ chức chính trị - xã hội chính thức được xác lập và vận hành với đầy đủ tính chất hợp hiến, hợp pháp.

Trong giai đoạn này, tổ chức bộ máy hệ thống chính trị có những điểm nổi bật sau đây:

Một là, toàn bộ hoạt động của hệ thống chính trị dân chủ nhân dân cơ bản đặt dưới sự lãnh đạo của Đảng hướng tới phục vụ cho cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp xâm lược và kiến thiết bước đầu xã hội mới.

Hai là, hệ thống chính trị dân chủ nhân dân thể hiện rõ tính dân tộc, dân chủ trong thành phần tham gia, trong tổ chức bộ máy và trong hoạt động của hệ thống.

Ba là, phương thức lãnh đạo, quản lý của các tổ chức thành viên trong hệ thống chính trị giai đoạn này mang tính linh hoạt, năng động phù hợp với yêu cầu của thực tiễn và rất hiệu quả.

Với tư cách là thành tố lãnh đạo của hệ thống chính trị, Đảng đã thực hiện phương thức lãnh đạo linh hoạt, phù hợp với hoàn cảnh lịch sử cụ thể, như ngày 11-11-1945 Đảng phải ra tuyên bố “tự ý giải tán” – thực chất là rút vào hoạt động bí mật. Trên thực tế, tổ chức đảng các cấp vẫn tiếp tục được củng cố và giữ vững vai trò lãnh đạo chính quyền một cách “kính đáo, khôn khéo”.

Một số thay đổi của tổ chức bộ máy các tổ chức trong hệ thống chính trị giai đoạn này như sau:

Hệ thống tổ chức đảng có sự tham gia của các đảng chính trị như: Đảng Cộng sản Đông Dương (1945 - 2-1951), Đảng Lao động Việt Nam (sau 2-1951); Việt Nam Quốc dân Đảng; Việt Nam Cách mệnh Đồng minh Hội; Đảng Xã hội Việt Nam, Đảng Dân chủ Việt Nam. Tại Đại hội đại biểu toàn quốc lần II (2-1951), Đảng Lao động Việt Nam ra hoạt động công khai để đáp ứng yêu cầu lãnh đạo cuộc kháng chiến. Từ đầu năm 1948, hệ thống tổ chức của Đảng ở Bắc Bộ và Trung Bộ được tổ chức theo 5 cấp; ở Nam Bộ 6 cấp. Từ ngày 16-4-1951, hệ thống tổ chức các cơ quan chuyên môn và tham mưu của Đảng được thiết lập lại, gồm các ban: Tuyên huấn, Tổ chức, Mặt trận, Kinh tế, Tài chính và 6 tiểu ban: Miên - Lào, Công vận, Nông vận, Thanh vận, Phụ vận.

Hệ thống tổ chức Nhà nước: Trong giai đoạn này, Quốc hội được ghi nhận dưới hình thức là Nghị viện nhân dân. Đứng đầu Chính phủ là Chủ tịch nước. Chủ tịch nước vừa là người đứng đầu Nhà nước, vừa là người đứng đầu Chính phủ. Chính phủ có 14 bộ thuộc Chính phủ liên hiệp lâm thời (tháng 1-1946); 11 bộ thuộc Chính phủ liên hiệp kháng chiến (tháng 3-1946); 14 bộ thuộc Chính phủ mới (từ tháng 11-1946 đến đầu năm 1955), thành lập 3 bộ mới: Bộ Kinh tế (Bộ Công thương), Tổng Giám đốc Ngân hàng Quốc gia (năm 1951), Bộ Công an. Chính quyền địa phương: HĐND và ủy ban hành chính ở xã, huyện, tỉnh, kỳ (nông thôn) và thành phố, khu phố (thành phố). Chính quyền ở nông thôn có 4 cấp: cấp kỳ, cấp tỉnh, cấp huyện và cấp xã. Cơ quan tư pháp: Các tòa án bao gồm Tòa án sơ cấp, Tòa án đệ nhị cấp, Tòa thượng thẩm. Sau đó đổi thành tòa án nhân dân cấp huyện, tòa án nhân dân cấp tỉnh, Tòa án tối cao.

Hệ thống tổ chức Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và các tổ chức chính trị - xã hội: Về cơ bản có ba tổ chức là Việt Nam Độc lập Đồng minh (Mặt trận Việt Minh), Hội Liên hiệp quốc dân Việt Nam (Liên Việt) và Mặt trận Liên Việt được thành lập trên cơ sở hợp nhất hai tổ chức Việt Nam Độc lập Đồng minh (Việt Minh) và Hội Liên hiệp quốc dân Việt Nam. Ngoài ra, còn có Hội Công nhân cứu quốc (Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam - 1946), Hội Phụ nữ cứu quốc (Hội Liên hiệp Phụ nữ Việt Nam - 1946), Đoàn Thanh niên cứu quốc - 1950, Hội Nông dân.

Giai đoạn này, Việt Nam tạm thời bị chia cắt làm hai miền. Trong hệ thống chính trị Nhà nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa gồm: Hệ thống chuyên chính vô sản ở miền Bắc và hệ thống chính trị cách mạng ở miền Nam. Miền Bắc có các tổ chức thành viên cơ bản như: Nhà nước Việt Nam; các đảng chính trị; các tổ chức chính trị - xã hội.

Thứ nhất, so với giai đoạn trước, hệ thống chính trị nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa giai đoạn 1954 -1975 có nhiều thay đổi, tiếp tục được củng cố, kiện toàn từ Trung ương đến địa phương, từ thể chế Đảng, thể chế Nhà nước đến thể chế Mặt trận Tổ quốc và các tổ chức chính trị - xã hội. Đặc biệt, giai đoạn này, nguyên tắc tổ chức và hoạt động của Nhà nước bước đầu được xác định rõ ràng, cụ thể hơn. Đó là, tất cả quyền lực trong nước Việt Nam Dân chủ Cộng hoà đều thuộc về Nhân dân. Nhân dân sử dụng quyền lực của mình thông qua Quốc hội và HĐND các cấp do nhân dân bầu ra và chịu trách nhiệm trước nhân dân. Quốc hội, HĐND các cấp và các cơ quan Nhà nước khác đều thực hành nguyên tắc tập trung dân chủ.

Thứ hai, giai đoạn này, Mặt trận và các tổ chức chính trị - xã hội đóng vai trò quan trọng trong hệ thống chính trị, trong việc tập hợp lực lượng, phát huy sức mạnh của toàn dân, toàn quân.

Hệ thống tổ chức đảng: Tổ chức và nguyên tắc hoạt động của Đảng Lao động Việt Nam được quy định trong Điều lệ Đảng. Tổ chức của Đảng được lập theo đơn vị hành chính và đơn vị sản xuất hoặc công tác. Cơ quan lãnh đạo cao nhất của Đảng là Đại hội đại biểu toàn quốc; giữa hai kỳ Đại hội, cơ quan lãnh đạo của Đảng là BCH Trung ương. Tương tự như vậy ở khu tự trị, tỉnh và thành phố trực thuộc; huyện, quận, thị xã là đại hội đại biểu hoặc đại hội đảng viên và BCH. Ở đơn vị cơ sở (xí nghiệp, xã, khu phố, thị trấn, cơ quan, bệnh viện, trường học v.v.) là đại hội đại biểu hoặc đại hội đảng viên của tổ chức cơ sở đảng; giữa hai kỳ đại hội là BCH của tổ chức cơ sở đảng.

Chức danh Tổng Bí thư thay bằng Bí thư thứ nhất (1960-1975). Ở miền Nam, năm 1954 lập lại Xứ ủy Nam Bộ và 3 liên khu ủy. Năm 1961, Ban Thống nhất Trung ương được thành lập. Một bộ phận của Trung ương Đảng tại miền Nam lấy tên Trung ương Cục Miền Nam, Đảng bộ miền Nam là Đảng Nhân dân Cách mạng Việt Nam. Các ban đảng mới ra đời: Ban Cán sự đảng Ngoài nước (1961); Ban Thẩm tra chính trị đội ngũ cán bộ, đảng viên ở Trung ương (1962); Ban Tuyên giáo Trung ương tách thành 2 ban (1968): Ban Tuyên huấn Trung ương, Ban Khoa học - Giáo dục; Ban Pháp chế Trung ương (1972).

Hệ thống tổ chức Nhà nước: Quốc hội là cơ quan quyền lực Nhà nước cao nhất của nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa. Quốc hội có Cơ quan Thường trực là Uỷ ban Thường vụ Quốc hội, có các uỷ ban chuyên trách để giúp Quốc hội và Ủy ban Thường vụ Quốc hội. Chủ tịch nước: Chủ tịch nước không nằm trong thành phần của Chính phủ (khác với Hiến pháp năm 1946) mà là người đứng đầu Nhà nước về mặt đối nội cũng như đối ngoại, thống lĩnh các lực lượng vũ trang toàn quốc, giữ chức vụ Chủ tịch Hội đồng Quốc phòng. Hội đồng Chính phủ là cơ quan chấp hành của cơ quan quyền lực Nhà nước cao nhất và là cơ quan hành chính Nhà nước cao nhất. Thành phần của Hội đồng Chính phủ không có Chủ tịch, Phó Chủ tịch nước. Có 24 bộ và cơ quan ngang bộ thuộc Chính phủ mở rộng (từ tháng 9-1955 đến tháng 5-1959); 30 bộ và cơ quan ngang bộ thuộc Chính phủ nhiệm kỳ Quốc hội khoá II; 40 bộ và cơ quan ngang bộ thuộc Chính phủ nhiệm kỳ Quốc hội khoá III; 31 bộ và cơ quan ngang bộ thuộc Chính phủ nhiệm kỳ Quốc hội khoá IV. Chính quyền địa phương gồm tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; huyện, thành phố thuộc tỉnh, thị xã; xã, thị trấn. Ngoài ra còn có khu tự trị Tây Bắc và Việt Bắc tồn tại đến tháng 12-1975. Bãi bỏ cấp bộ (Bắc Bộ, Trung Bộ, Nam Bộ). Tất cả các cấp tỉnh, huyện, xã đều có HĐND không phân biệt đô thị hay nông thôn. Không có sự phân biệt giữa tổ chức chính quyền đô thị và chính quyền nông thôn. Thành lập Tòa án Nhân dân và Viện Kiểm sát nhân dân. Các tòa án địa phương được tổ chức theo các đơn vị hành chính lãnh thổ. Hệ thống tòa án bao gồm: Tòa án Nhân dân tối cao, tòa án nhân dân cấp tỉnh, tòa án nhân dân cấp huyện và các tòa án quân sự.  Hệ thống viện kiểm sát bao gồm Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, viện kiểm sát nhân dân cấp tỉnh, viện kiểm sát nhân dân cấp huyện và viện kiểm sát quân sự.

Năm 1955, Đại hội Mặt trận đã họp và đổi tên là Mặt trận Tổ quốc Việt Nam. Hội Nông dân (Nông hội) chấm dứt hoạt động từ năm 1958. Đoàn Thanh niên cứu quốc đổi tên thành Đoàn Thanh niên Lao động Việt Nam (1955). Năm 1960, Mặt trận dân tộc giải phóng miền Nam Việt Nam ra đời, tập hợp gần 20 tổ chức chính trị, đảng phái, tôn giáo (Hội Lao động giải phóng, Hội Liên hiệp sinh viên và học sinh,...). Để tập hợp, thu hút những tổ chức, cá nhân có tinh thần yêu nước, chống Mỹ - Nguỵ và tán thành hoà bình, trung lập, nhưng không đứng trong hàng ngũ Mặt trận dân tộc giải phóng, Đảng quyết định thành lập Liên minh Các lực lượng dân tộc, dân chủ và hoà bình miền Nam Việt Nam (1968). Năm 1969, hai tổ chức mặt trận đã lập ra Chính phủ Lâm thời Cộng hoà miền Nam Việt Nam, đại diện chân chính và hợp pháp của nhân dân miền Nam.

Từ khi Tổ quốc Việt Nam được thống nhất đến năm 1986, hệ thống chính trị trên phạm vi cả nước Việt Nam là hệ thống chuyên chính vô sản. Trong đó sự lãnh đạo trực tiếp, tuyệt đối và toàn diện của Đảng chuyển từ lãnh đạo chiến tranh làcơ bản sang lãnh đạo xây dựng, phát triển đất nước. Nhà nước Cộng hòa XHCN Việt Nam là thành tố trung tâm của hệ thống chuyên chính vô sản chuyển đổi từ sứ mệnh cơ bản là tổ chức kháng chiến sang nhiệm vụ quản lý phát triển xã hội; Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và các tổ chức chính trị - xã hội phải thực hiện chuyển đổi tổ chức và phương thức hoạt động từ tất cả cho tiền tuyến sang động viên toàn dân xây dựng, phát triển đất nước.

Hệ thống tổ chức đảng: Đại hội IV của Đảng (1976) đổi tên thành Đảng Cộng sản Việt Nam. Hệ thống tổ chức của Đảng được lập ra theo cấp hành chính, đơn vị sản xuất hoặc công tác. Hệ thống chỉ đạo các tổ chức cơ sở đảng ở cơ quan Trung ương và cơ quan cấp tỉnh, thành phố trưc thuộc sẽ do BCH Trung ương quy định. Tổ chức đảng trong Quân đội nhân dân Việt Nam được tổ chức theo hệ thống ngành dọc. Điều lệ Đảng năm 1986 đã sửa đổi bổ sung: BCH Trung ương họp hội nghị toàn thể cử ra Bộ Chính trị, Ban Bí thư, đồng thời cử Tổng Bí thư BCH Trung ương. Tổ chức cơ sở đảng ở xã, phường, thị trấn bao gồm các tổ chức đảng hoạt động trong phạm vi một xã, một phường, một thị trấn. Giải thể Trung ương cục miền Nam và cấp khu. Từ năm 1982 thành lập 10 đảng bộ khối cơ quan Trung ương.

Ngày 25-4-1976, nhân dân hai miền Bắc - Nam tham gia Tổng tuyển cử bầu Quốc hội khóa VI, đặt tên nước Việt Nam là Cộng hòa XHCN Việt Nam. Hội đồng Nhà nước là cơ quan cao nhất hoạt động thường xuyên của Quốc hội, là Chủ tịch tập thể của nước Cộng hoà CHXH Việt Nam. Quốc hội bầu ra Chủ tịch và các Phó Chủ tịch Quốc hội. Hội đồng Nhà nước là thiết chế mới lần đầu tiên được quy định trong Hiến pháp, vừa thực hiện chức năng của Uỷ ban Thường vụ Quốc hội, vừa thực hiện chức năng của Chủ tịch nước. Hội đồng Bộ trưởng là Chính phủ gồm 28 bộ và cơ quan ngang bộ. Chính quyền địa phương có ba cấp hành chính là tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và cấp tương đương; huyện, quận, thành phố trực thuộc tỉnh và thị xã; xã, phường, thị trấn. Khu tự trị được bãi bỏ nhưng lập thêm đơn vị hành chính đặc khu: Đặc khu Vũng Tàu Côn Đảo, Đặc khu Quảng Ninh, đơn vị phường ở những thành phố, thị xã tương đương với xã. Ở các đơn vị hành chính nói trên đều thành lập HĐND và UBND.

Mặt trận và các đoàn thể quần chúng ở hai miền Nam - Bắc lần lượt thống nhất và lấy tên chung là Mặt trận Tổ quốc Việt Nam. Hệ thống tổ chức của Mặt trận gồm 4 cấp: Trung ương, cấp tỉnh, cấp huyện, cấp xã.

Đại hội VI (1986) của Đảng khẳng định “Đảng lãnh đạo, Nhân dân làm chủ, Nhà nước quản lý thành cơ chế chung trong quản lý toàn bộ xã hội”.Tại Hội nghị Trung ương 6 khóa VI (3-1989), Đảng Cộng sản Việ Nam sử dụng khái niệm “hệ thống chính trị” thay cho khái niệm “hệ thống chuyên chính vô sản”. Trong hệ thống chính trị ở Việt Nam, Đảng Cộng sản Việt Nam lãnh đạo Nhà nước và xã hội, là hạt nhân của hệ thống chính trị; Nhà nước giữ vị trí trung tâm và có vai trò chủ đạo đối với quản lý xã hội.

Từ năm 1986 đến năm 2007 (nhiệm kỳ Đại hội VI), cơ quan tham mưu giúp việc cho Đảng có 17 ban như khóa trước nhưng thêm Ban Cương lĩnh chiến lược và 15 đơn vị sự nghiệp. Từ Đại hội VII chỉ còn 13 ban và 5 đơn vị sự nghiệp. Năm 1992, Bộ Chính trị quyết định lập lại đảng đoàn, ban cán sự ở các cơ quan Nhà nước, đoàn thể cấp Trung ương. Sau đó Ban Bí thư quyết định lập đảng đoàn, ban cán sự đảng ở các cơ quan cấp tỉnh và cấp huyện, lập thí điểm ban cán sự tại một số doanh nghiệp trọng yếu của Nhà nước. Tại Đại hội VIII, thành lập Ban Thường vụ BCT thay thế Ban Bí thư. Thành lập các ban cán sự đảng tổng công ty nhà nước hạng đặc biệt.

Từ năm 2007 đến nay: Thành lập Đảng ủy Khối Các cơ quan Trung ương, Đảng ủy Khối Doanh nghiệp Trung ương. Chuyển Đảng bộ Đường sắt Việt Nam về Đảng bộ Khối Doanh nghiệp Trung ương. Chuyển Đảng bộ Ngoài nước về Đảng bộ Khối Các cơ quan Trung ương (2007), năm 2013 chuyển về trực thuộc Ban Bí thư, năm 2019 hợp nhất Đảng bộ Ngoài nước với Đảng bộ Bộ Ngoại giao. Kết thúc hoạt động của các ban cán sự đảng tổng công ty nhà nước hạng đặc biệt, các ban cán sự đảng đơn vị sự nghiệp Trung ương, các Ban Chỉ đạo Tây Bắc, Tây Nguyên và Tây Nam Bộ.

Từ năm 1986 đến năm 2013 Hội đồng Nhà nước được thay bằng chế định Ủy ban Thường vụ Quốc hội và chế định Chủ tịch nước. Hội đồng Dân tộc và các Ủy ban của Quốc hội về cơ bản không thay đổi. Chính phủ là cơ quan chấp hành của Quốc hội, cơ quan hành chính Nhà nước cao nhất. Cơ cấu tổ chức của Chính phủ gồm 28 bộ, cơ quan ngang bộ nhiệm kỳ Quốc hội khoá VIII.  Chính phủ khoá XI đã nâng cấp 2 lĩnh vực, thành lập 26 bộ, cơ quan ngang bộ. Chính phủ khoá XII đã thu gọn còn 22 bộ, cơ quan ngang bộ. Chính quyền địa phương: Tất cả các đơn vị hành chính đều tổ chức HĐND và UBND. Tòa án nhân dân được tổ chức theo nguyên tắc kết hợp thẩm quyền và đơn vị hành chính. Viện kiểm sát nhân dân tổ chức theo mô hình của tòa án nhân dân.

Từ năm 2013 đến nay bộ máy Nhà nước ở Trung ương bao gồm: Quốc hội, Chủ tịch nước, Chính phủ, Tòa án Nhân dân tối cao, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao. Ngoài 5 thiết chế nói trên, Hiến pháp đã bổ sung hai thiết chế độc lập là Hội đồng Bầu cử quốc gia và Kiểm toán Nhà nước.

Từ năm 1986, tổ chức Công đoàn đổi tên thành Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam. Hội Nông dân lại được tổ chức ở cả 4 cấp hành chính. Hội Cựu chiến binh ra đời năm 1989. Hệ thống tổ chức chính trị - xã hội gồm: Mặt trân Tổ quốc, Công đoàn, Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh, Hội Cựu chiến binh, Hội Phụ nữ, Hội Nông dân được tổ chức từ Trung ương đến cơ sở. Cơ quan của Mặt trận Tổ quốc Việt Nam gồm: Ở Trung ương có Ủy ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, Đoàn Chủ tịch Ủy ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, Ban Thường trực Ủy ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và cơ quan tham mưu, giúp việc. Ở địa phương có ủy ban và ban thường trực ủy ban Mặt trận Tổ quốc Việt Nam cấp tỉnh, cấp huyện, cấp xã và cơ quan tham mưu, giúp việc cấp tỉnh, cấp huyện. Dưới cấp xã có ban công tác mặt trận ở thôn, tổ dân phố.

Từ năm 1945 đến nay, mô hình tổng thể về tổ chức bộ máy của hệ thống chính trị nước ta cơ bản ổn định, bao gồm khối Đảng, khối Nhà nước, khối Mặt trận Tổ quốc và các tổ chức chính trị - xã hội. Đây là một chỉnh thể thống nhất, phù hợp và hiệu quả, đáp ứng yêu cầu cách mạng qua các thời kỳ.

Hệ thống tổ chức khối Đảng qua mỗi thời kỳ đều kịp thời điều chỉnh mô hình tổ chức bộ máy lãnh đạo, chỉ đạo, cơ cấu tổ chức các cơ quan tham mưu, giúp việc và các đơn vị sự nghiệp cho phù hợp với tình hình. Mô hình tổ chức đảng được lập tương ứng với hệ thống tổ chức hành chính cơ bản ổn định, phù hợp. Nhờ đó đã bao quát được tất cả các các lĩnh vực, địa bàn, bảo đảm sự lãnh đạo trực tiếp, toàn diện, hiệu quả của Đảng đối với cả hệ thống chính trị. Năng lực lãnh đạo, sức chiến đấu của Đảng ngày càng được nâng cao.

Căn cứ vào yêu cầu mỗi giai đoạn cách mạng, hệ thống bộ máy tổ chức Nhà nước thường xuyên có sự điều chỉnh để phù hợp với tình hình thực tiễn của Việt Nam. Tổ chức bộ máy của Quốc hội được sắp xếp, kiện toàn, cơ bản phù hợp với yêu cầu thực tế trong từng thời kỳ. Quốc hội ngày càng đóng vai trò thực sự là cơ quan quyền lực cao nhất, thực hiện quyền lập hiến, lập pháp, quyết định các vấn đề quan trọng của đất nước và giám sát tối cao đối với hoạt động của Nhà nước. Tổ chức bộ máy Chính phủ được điều chỉnh theo hướng tinh gọn, hoạt động hiệu lực, hiệu quả, phù hợp với mục tiêu của Đảng. Các bộ, ngành được bố trí, sắp xếp theo nguyên tắc bộ quản lý đa ngành, đa lĩnh vực, bao quát, toàn diện và hiệu quả. Tổ chức chính quyền địa phương có sự điều chỉnh phù hợp với từng loại đơn vị hành chính nông thôn, đô thị, hải đảo và đơn vị hành chính kinh tế đặc biệt.

Tổ chức bộ máy, thành phần tham gia, chức năng, nhiệm vụ và hoạt động của Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và các đoàn thể chính trị - xã hội có sự điều chỉnh qua từng giai đoạn cách mạng, ngày càng phát huy vai trò tập hợp lực lượng giám sát và phản biện xã hội.

Bên cạnh những kết quả đạt được, mô hình tổ chức bộ máy của hệ thống chính trị nước ta vẫn có những điểm chưa hợp lý, hạn chế và bất cập sau:

Tổ chức bộ máy hệ thống chính trị nước ta, tuy đã được đổi mới ở một số bộ phận, nhưng về căn bản vẫn theo mô hình được thiết kế và hình thành từ hơn 60 năm trước, trong bối cảnh đấu tranh giải phóng miền Nam, chống chiến tranh phá hoại ở miền Bắc và điều kiện, môi trường kinh tế - xã hội thời kỳ áp dụng cơ chế chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và không xác định rõ mối quan hệ, cơ chế phối hợp giữa các cơ quan, tổ chức trong hệ thống chính trị, nhất là giữa các cơ quan tập trung quan liệu, bao cấp, theo mô hình Liên Xô, nhiều vấn đề còn không phù hợp với điều kiện mới; 

Cơ chế Đảng lãnh đạo, Nhà nước quản lý, Nhân dân làm chủ chưa được nhận thức rõ ràng, chưa được đổi mới hoàn thiện trong quá trình xây dựng, phát triển đất nước. Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, tổ chức, quan hệ công tác giữa nhiều cơ quan, bộ phận chưa thật rõ ràng, còn trùng lắp, chồng chéo. Việc phân định trách nhiệm, phân cấp, phân quyền chưa đồng bộ, hợp lý, chỗ bao biện làm thay, nơi bỏ sót hoặc không đầu tư thích đáng. Về cơ bản, tổ chức bộ máy trong từng tổ chức trong hệ thống chính trị chưa đổi mới kịp với những thay đổi và yêu cầu của thực tiễn. Mô hình tổ chức cụ thể, chức năng, trách nhiệm, quyền lực, nghĩa vụ của từng tổ chức trong hệ thống chính trị, cũng như của các cấp, các bộ phận trong mỗi tổ chức trong hệ thống chính trị còn nhiều điểm chưa rõ ràng, chưa hợp lý, chưa phù hợp với điều kiện mới. Mối quan hệ, tác động qua lại giữa các cấp, các bộ phận trong từng tổ chức trong hệ thống chính trị cũng như của cả hệ thống chính trị không rõ ràng, phân minh. Việc lập ra một số tổ chức mới, xác lập một số quy định, thiết chế vận hành mới nhiều khi chắp vá, chưa đồng bộ, chưa giải quyết có hiệu quả các nhiệm vụ mới, các vấn đề mới đặt ra, thậm chí làm cho bộ máy ngày càng phình ra, cơ chế vận hành phức tạp thêm, chức năng các bộ phận trùng lắp hơn.

Quan niệm về cấp hành chính chưa thật sự khoa học, dẫn đến thiết kế mô hình tổ chức thành các hệ thống xuyên suốt, cơ bản giống nhau giữa các cấp đối với cả tổ chức đảng, cơ quan Nhà nước, Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và các tổ chức chính trị - xã hội. Chưa có sự phân biệt rõ cấp Trung ương (cấp ban hành chủ trương, chính sách, pháp luật) với cấp trung gian (cấp tổ chức thực hiện) và cấp cơ sở (vừa là cấp tổ chức thực hiện, vừa là cấp tự quản). Chưa phân biệt rõ giữa các loại hình đơn vị hành chính (nông thôn, đô thị, hải đảo, miền núi…) để hình thành mô hình tổ chức bộ máy hệ thống chính trị phù hợp với từng loại hình. Chưa xác định rõ chức năng “hiệu quản” giữa ngành dọc với địa phương; giữa quản lý tập trung thống nhất với phân cấp quản lý.

Sự song trùng về tổ chức, chồng chéo chức năng trong tổ chức của Đảng với các cơ quan Nhà nước, dẫn đến việc không rõ trách nhiệm, “lấn sân”, “vô hiệu hóa” nhau, làm giảm hiệu lực, hiệu quả hoạt động của bộ máy hệ thống chính trị Việt Nam.

Hệ thống kiểm soát quyền lực còn bộc lộ nhiều yếu kém, hạn chế. Quan điểm về vấn đề kiểm soát quyền lực, giám sát liêm chính chưa đầy đủ, rõ ràng, quyết tâm chính trị chưa cao. Tổ chức bộ máy, cơ chế vận hành cũ được duy trì quá lâu, không được đổi mới đồng bộ với những đổi mới về kinh tế, xã hội.

Đại hội XIII của Đảng xác định “Tiếp tục hoàn thiện mô hình tổ chức tổng thể của hệ thống chính trị; xác định rõ hơn chức năng, nhiệm vụ và cơ chế hoạt động của các tổ chức trong hệ thống chính trị, đáp ứng mục tiêu, yêu cầu, nhiệm vụ của thời kỳ phát triển mới”. Trong đó tập trung vào việc đổi mới tổ chức bộ máy các tổ chức trong hệ thống chính trị, cụ thể như sau:

Xây dựng tổ chức bộ máy của Đảng trong sạch, vững mạnh gắn với đổi mới phương thức lãnh đạo và nâng cao năng lực cầm quyền. Cần phân định rõ chức năng lãnh đạo - cầm quyền của từng cấp ủy đảng, tổ chức đảng gắn hữu cơ với chức năng, nhiệm vụ của cơ quan Nhà nước, trên cơ sở đó khắc phục sự trùng lắp không hợp lý về chức năng, nhiệm vụ, tổ chức bộ máy giữa Đảng và Nhà nước. Tiếp tục đổi mới, hoàn thiện tổ chức bộ máy của Đảng và hệ thống chính trị tinh gọn, hoạt động hiệu lực, hiệu quả, đồng bộ với đổi mới kinh tế, văn hóa, xã hội, con người. Tổng kết các mô hình thí điểm về tổ chức bộ máy của Đảng và hệ thống chính trị, khắc phục sự chồng chéo và những bất hợp lý trong tổ chức của Đảng và tổ chức bộ máy của hệ thống chính trị. Tiếp tục đổi mới, hoàn thiện tổ chức, nâng cao năng lực lãnh đạo, sức chiến đấu của tổ chức cơ sở đảng. Rà soát, sửa đổi, bổ sung chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm, mối quan hệ công tác của các loại hình tổ chức cơ sở đảng phù hợp với tiến trình đổi mới, sắp xếp tinh gọn tổ chức bộ máy của Đảng và hệ thống chính trị. Nâng cao vai trò, trách nhiệm giáo dục, quản lý, rèn luyện, kiểm tra, giám sát đảng viên; đổi mới nội dung, phương thức hoạt động, sinh hoạt của chi bộ.

Tiếp tục xây dựng Nhà nước pháp quyền XHCN kiến tạo phát triển, liêm chính, hành động; xác định rõ hơn vai trò, vị trí, chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của cơ quan nhà nước. ”Lấy quyền và lợi ích hợp pháp, chính đáng của người dân, doanh nghiệp làm trọng tâm thúc đẩy đổi mới sáng tạo, bảo đảm yêu cầu phát triển nhanh, bền vững”.

Đối với tổ chức bộ máy của Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và các tổ chức chính trị - xã hội
Mô hình tổ chức của các tổ chức chính trị - xã hội phải đa dạng và linh hoạt hơn, thích ứng với các môi trường cụ thể (cơ quan nhà nước, sản xuất, kinh doanh, địa bàn dân cư…). Thu gọn các “tổ chức cứng”, mở rộng các loại hình tập hợp linh hoạt (các câu lạc bộ, đội nhóm hoạt động) với các quy định ràng buộc mềm hơn về thời gian, về địa bàn, nội dung hoạt động; có thể không nhất thiết mỗi tổ chức đều tổ chức theo mô hình 4 cấp như cấp hành chính.

Mô hình tổng thể về tổ chức bộ máy của hệ thống chính trị nước ta từ năm 1945 đến nay về cơ bản ổn định bao gồm 3 khối (Đảng, Nhà nước, Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và các tổ chức chính trị - xã hội). Với cơ chế vận hành Đảng lãnh đạo, Nhà nước quản lý, Nhân dân làm chủ, tổ chức bộ máy của từng khối đã có sự điều chỉnh để đáp ứng yêu cầu cách mạng của từng giai đoạn lịch sử. Tuy nhiên, đất nước ta đang trong bối cảnh và điều kiện mới là xây dựng nhà nước pháp quyền XHCN, phát triển nền kinh tế thị trường định hướng XHCN hiện đại, hội nhập quốc tế,… đòi hỏi cần tiếp tục nghiên cứu, hoàn thiện mô hình tổng thể về tổ chức bộ máy của hệ thống chính trị phù hợp với tình hình mới.